据统计，每年有１．５万艘船只穿越这条运河，而平均每艘的过河费是３万美元，所以对美国人来说，巴拿马运河是“一只会下金蛋的鸡”。美国还以运河区为基地，成立了美军南方司令部，作为美国在拉丁美洲的军事指挥中心。在第二次世界大战及后来侵略朝鲜和越南的战争中，美军都曾利用巴拿马运河调动军队，为其全球战略利益服务。美国在运河区的驻军长期保持在数万人。

　　１９８９年，美军从运河区指挥过入侵巴拿马的战争，运河区的美军还参与过侵占海地和格林纳达的军事行动。美国不仅在运河区内享有主宰一切的权力，而且随时可以越界干涉巴拿马的内政。在美国的操纵下，巴拿马政局动荡，政变频繁，只要哪个总统不顺从美国的意志，立即会遭到推翻或暗杀。艰难的回归之路从巴拿马运河修建之日起，巴拿马人民争取其回归的斗争就从来没有停止过。二战之后，巴拿马群众要求恢复运河主权的呼声空前高涨，多次爆发大规模游行示威，要求撤除美军基地。

　　１９６３年１１月，美国被迫同巴拿马政府达成协议，同意在运河区同时悬挂两国国旗。

　　１９６４年１月９日，美国人撕毁协议，连续几天单独升美国国旗，终于触发了震撼世界的巴拿马反美爱国风暴。３万多巴拿马市民和学生举行了大规模的示威游行，美军竟然出动坦克和直升机，用机枪扫射手无寸铁的人群，造成２２人死亡，数百人受伤的惨剧。１月１２日，巴拿马１０万人为死难者送葬，恰里总统和政府官员也加入了游行行列。世界各国人民声援的浪潮此起彼伏，哥伦比亚等１１个拉美国家的首脑联名致函卡特总统，要求尽快废除不平等的旧运河条约。在巨大的压力下，美国被迫同意就签订一项新运河条约进行双边磋商。

　　１９７７年９月７日，美国终于同巴拿马政府签订了《托里霍斯—卡特条约》。新条约规定巴拿马将以“国土主人的资格”处理有关运河的一切事宜。

　　１９９９年１２月３１日条约期满前，美国将撤离所有驻军，并向巴拿马政府移交运河的全部管辖权。１９７９年１０月１日新条约生效当天，成千上万的巴拿马人载歌载舞涌入运河区，一面１７６平方米、相当于半个足球场大小的巨幅巴拿马国旗在运河南端入口处的安孔山冉冉升起。