根据李鸿章的记录，杀降当天上午戈登被调往昆山，因而并不在场。事实上，戈登自己的备忘录记载，他杀降时仍在苏州，只是被入城的淮军以保护他的安全为由软禁了一个小时，而降将们就在这段时间被砍了头。戈登在得知杀降以后，留了一封短信给李鸿章，然后才乘汽轮回到昆山。李鸿章的不实之辞，大概还是想为戈登开脱责任。

　　种种迹象表明，杀降早有预谋，戈登显然是被利用了。洁身自好的戈登怒不可遏，率领常胜军返回昆山，拒不参战。据说盛怒的戈登拎着手枪到处寻找李鸿章，要和他决斗以挽回自己的名誉。李鸿章以四两拨千斤的手法，一方面向朝廷表功，戈登赫然位列程学启之后，接着重赏常胜军白银六万两，其中一万两奖给戈登；另一方面向上海的英、法、美等国使团去函，解释苏州杀降的前因后果，强调杀降纯粹是中方的决定，和戈登无关。不久朝廷的赏赐下来，戈登被封提督，赐穿黄马褂，带孔雀花翎。清政府还仿照西方式样给戈登制作了一枚巨大的纯金奖章。

　　戈登到昆山以后，向英国公使提交辞呈，但被再三挽留。戈登拒绝接受李鸿章的一万两白银的赏金，还打算拒绝朝庭的一系列封赏，"由于攻占苏州后所发生的情况，我不能接受任何标志皇帝陛下赏识的东西"。但在公使的规劝下，戈登最后还是接受了清政府的嘉奖。戈登回到英国以后，将纯金奖章熔掉捐给了慈善机构，只保留了黄马褂。这件黄马褂至今依然存放于英国的戈登纪念馆。

　　1864年3月，戈登终於抛弃前嫌，面见李鸿章商议战事，两人都避而不谈"苏州杀降"一事。接下来常胜军又攻陷数座江南城池。5月，常州城破，太平天国在苏南最后的军事重镇陷落。常州克服以后，太平天国的灭亡指日可待，於是常胜军在昆山解散，戈登随即返回英国。

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