英、法公使和助手斯图亚特离去以后，戈登更加孤独，每天花很多时间写他的围城日记。这些有幸保留下来的手稿，记录了三百多天绝望的等待中戈登的心理历程。戈登在日记里重申他的原则："我庄严宣告，在喀土穆每一个愿意撤离的居民安全撤离以前，在一个有效的政府建立以前，我不会离开苏丹；因此我不会遵从任何让我撤离的命令，我愿意冒一切风险，留下来和此城共存亡。"这是赤裸裸的抗命不遵，但戈登天生不是一个顺从的人，他在日记中自嘲地说："我绝不会雇佣象我这样的人，我是不可救药的。"

　　随着时间的推移，戈登起初的信念也逐渐产生动摇。他估计城中四万居民中，至少有三分之二的人愿意投靠马赫迪。"埃及官员无能，士兵怯懦，"戈登沮丧地发现，"为他们牺牲真不值得。"他的尊敬都留给了对手，"马赫迪的信徒都是坚定的战士，能够忍受饥渴，舍生忘死，真是坚如磐石。"在他心目中，马赫迪士兵才是他喜欢带的兵。戈登虽然认定马赫迪欺世盗名，但在他的日记里字里行间随处可见对马赫迪的尊敬。一天有谣言传来，马赫迪在城外出现，要求面见戈登，戈登居然一脸的兴奋之色。

　　9月底，城中存粮将尽之时，一些*商非法囤积的粮食意外地被发现，使喀土穆守军又坚持了几个月。12月14日，戈登的最后一艘汽船装着他的日记离开喀土穆。戈登写给他姐姐的最后一封信中言道："我知道女王的政府会因为我强迫他们出兵而怒气冲天……由於援军的延误，这应该是你看到的最后一封信了。不过上帝主宰一切，他的意志将会得以实现。由於条件的限制，恐怕我在此的作为会显得不那么辉煌……我非常快乐，感谢上帝，我已经尽力履行了我的责任。"

　　沃斯利在埃及精心准备苏丹远征，他知道马赫迪有雄师十万，士气高昂，轻敌冒进只能是自取灭亡。到10月底，沃斯利才凑齐一万精锐部队组成远征军。此时尼罗河正值低潮，水路无法进入苏丹，如果走陆路，又没有足够的骆驼。直到11月底，远征军的先头部队才正式出发。进入苏丹以后，英军不断受到马赫迪部队的骚扰和阻击，行动非常缓慢。1885年1月20日，英军到达尼罗河畔的米提玛(Metemma)，发现戈登派来迎接他们的四艘汽船已经在此等候了四个月。23日，英军先头部队乘汽船向马赫迪进发，于28日到达喀土穆城外，发现喀土穆已经沦陷，於是只得退了回去。